Imputato a Livorno per favoreggiamento verso l’ex prefetto di Livorno, che avrebbe avvertito di
indagini e intercettazioni in corso su uno scandalo di abusi edilizi all’isola d’Elba, consentendo a lui e ad altri indagati di inquinare le prove e di distruggere carte e addirittura computer, con gravi danni per le indagini. Il processo è iniziato il 20 ottobre 2006. Ma il 17 maggio 2007 la Camera l’ha bloccato (394 voti favorevoli, 2 contrari e 32 astenuti), sollevando un conflitto di attribuzioni tra poteri dello Stato alla Corte Costituzionale contro il Tribunale dei ministri che, spogliandosi del caso in quanto Matteoli è accusato come comune cittadino e non come ex ministro, non ha ritenuto di chiedere alla Camera l’autorizzazione a procedere prevista per i ministri accusati di reati commessi nell’esercizio delle proprie funzioni. Così il processo, in attesa della Consulta, si ferma.